Il est possible que votre thème écrase les styles de TOC+. Si c’est le cas il suffit de modifier quelques fichiers.

table-of-contents-plus/toc.php

On va changer l’ordre de chargement du style CSS, et le mettre en dernier.
Remplacer

add_action( 'wp_enqueue_scripts', array(&$this, 'wp_enqueue_scripts') );

Par

add_action( 'wp_enqueue_scripts', array(&$this, 'wp_enqueue_scripts'), 99 );

table-of-contents-plus/screen.css

Remplacer

#toc_container ul ul {
	margin-left:1.5em;
}

Par

#toc_container ul ul {
	margin:0;
	padding:0;
	margin-left:1.5em;
}

Pour vérifier que tout fonctionne il suffit de faire CTRL+F5 et vérifier que tout est bon.